- Giới thiệu
Khi sử dụng ngôn ngữ R để phân tích dữ liệu hoặc vẽ đồ thị, việc cài đặt các gói R là không thể tránh khỏi. Trong quá trình cài đặt, có thể gặp một số vấn đề không phải do mạng hoặc ngôn ngữ R mà do thiếu cấu hình hoặc trình biên dịch trong hệ thống. Bài viết này sẽ giới thiệu một lỗi phổ biến và cách khắc phục.
- Vấn đề
Một người dùng gần đây đã gặp lỗi khi cài đặt gói DESeq2 cho phân tích biểu hiện gen. Lỗi xuất hiện như sau: /bin/gfortran: No such file or directory. Lỗi này tương tự như /usr/bin/ld: cannot find -lxxxx. Khi R cài đặt gói, nó có thể cần biên dịch, và nếu thiếu các tệp hoặc thư viện cần thiết, việc cài đặt sẽ thất bại.
- Cách giải quyết
Đầu tiên, hãy tìm kiếm khu vực xuất hiện Error trong quá trình cài đặt, xác định tệp hoặc phụ thuộc bị thiếu. Dưới đây là ví dụ với gfortran.
3.1. Kiểm tra và cài đặt
Hãy kiểm tra xem hệ thống có tệp hoặc phụ thuộc cần thiết không:
# Trong terminal, nhập hai lệnh sau
# Thay `fortran` bằng tên của tệp hoặc phụ thuộc bạn đang tìm kiếm
ldconfig -p | grep fortran
which fortran
- Nếu có kết quả
Nếu tệp tồn tại nhưng hệ thống không tìm thấy, hãy xem phần 3.2. Kiểm tra phiên bản và 3.3. Cập nhật liên kết.
- Nếu không có kết quả
Nếu terminal trả về not found, hãy cài đặt tệp hoặc phụ thuộc đó:
# Trên Linux
sudo apt update # Cập nhật
sudo apt install gfortran # Cài đặt
# Trên Mac
brew install gcc # Gói gcc bao gồm gfortran
3.2. Cập nhật liên kết
Nếu tệp hoặc phụ thuộc tồn tại nhưng liên kết không đúng, hãy tạo lại liên kết:
# Xác định vị trí tệp gốc từ kết quả của bước 3.1 và tạo liên kết
sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so
3.3. Kiểm tra phiên bản
Nếu cập nhật liên kết không giải quyết được, có thể do xung đột phiên bản. Hãy kiểm tra và cài đặt phiên bản phù hợp:
gcc --version # Kiểm tra phiên bản gcc
gfortran --version # Kiểm tra phiên bản gfortran
# Nếu không khớp, cài đặt lại phiên bản phù hợp
Vì vậy, khi cài đặt gói R, hãy đọc kỹ thông báo lỗi và tìm giải pháp trên web.