Phân tích biểu hiện gen khác biệt với DESeq2: Hiểu sâu về các bước thống kê
Mục tiêu học tập
Nắm rõ từng giai đoạn trong quy trình xử lý của DESeq2
Xác định nguồn biến thiên và kiểm tra hệ số chuẩn hóa (size factors)
Đánh giá độ phân tán gen và vai trò của nó trong mô hình
Hiểu tại sao độ phân tán là yếu tố then chốt trong phân tích biểu hiện khác biệt
Quy trình xử lý của DESeq2
Khi tạo đối tượng DESeqDataSe ...
Đăng vào ngày 8 tháng 7 lúc 05:56
Giải quyết vấn đề thường gặp khi cài đặt gói R
Giới thiệu
Khi sử dụng ngôn ngữ R để phân tích dữ liệu hoặc vẽ đồ thị, việc cài đặt các gói R là không thể tránh khỏi. Trong quá trình cài đặt, có thể gặp một số vấn đề không phải do mạng hoặc ngôn ngữ R mà do thiếu cấu hình hoặc trình biên dịch trong hệ thống. Bài viết này sẽ giới thiệu một lỗi phổ biến và cách khắc phục.
Vấn đề
Một ngườ ...
Đăng vào ngày 1 tháng 7 lúc 19:54
Hướng dẫn chuẩn hóa count trong RNA-seq với DESeq2
Chuẩn hóa dữ liệu đếm (count normalization) là bước thiết yếu trước khi tiến hành phân tích biểu hiện gen khác biệt (differential expression analysis). Mục tiêu là loại bỏ ảnh hưởng của các yếu tố không liên quan đến sinh học, giúp so sánh mức biểu hiện giữa các mẫu một cách chính xác.
1. Các yếu tố cần chuẩn hóa
1.1. Độ sâu giải trình tự (se ...
Đăng vào ngày 27 tháng 5 lúc 05:48